Limites connues du système

Après examen d'un jeu de données de référence (https://www.ebi.ac.uk/biostudies/BioImages/studies/S-BIAD564, composant d'étude "Centrosome duplication") et tentative de l'adapter sur notre système, plusieurs points et limites sont à noter:

• Les éléments d'information sur l'organisme, l'échantillon , la méthode d'imagerie... sont placés au niveau "Study" dans le standard REMBI. Cela signifie que tous les éléments "Assay" correspondant à une étude ont été obtenus pour le même organisme, sur le même échantillon, obtenus dans les mêmes conditions de culture/croissance et de préparation d'échantillon, et dans les mêmes conditions de production d'image. Dans notre version (voir document Excel et page de documentation associée), ils ont été placés au niveau "Assay". Cela a été un mouvement volontaire de notre part, où nous avons estimé, après examen des pratiques au sein du laboratoire et des différents jeux de données produits, qu'il était possiblement nécessaire d'avoir des jeux de données issus de techniques/organisme/échantillons différents au sein d'une même "Study". Il faut comprendre que ce système est actuellement en test, et qu'à terme, des modifications des pratiques d'annotation et de formulation des questions scientifiques servant de base aux "Investigations" soient à prévoir.

• Dans le standard REMBI, une "Investigation" comporte d'autres éléments d'annotation (N° d'accès, Description, Remerciements ("Acknowledgements), Financements ("Funding statement"), Organisme de financement ("Funding"), Publication d'origine (un élément important), Licence de publication ("License")). Il est actuellement impossible d'importer ces éléments, de par la conception d'OMERO. A terme, MadBot est supposé être utilisé pour rassembler ces informations et compenser les insuffisances d'OMERO. En conséquence, il est recommandé de rassembler ces éléments dans un fichier texte séparé, à mettre (par exemple) en pièce jointe de la première étude de l'investigation.