Introduction générale
Un peu de contexte
Dans le cadre de la construction de l'infrastructure France BioImaging, le groupe de travail FBI.Data a pour rôle de concevoir, développer et mettre en place une solution de gestion des données de microscopie, depuis leur station d'acquisition jusqu'au dépots de données publics, tout en conservant un accès continu aux auteurs de ces données tout au long de leur cycle de vie.
Cette démarche s'inscrit dans le cadre des principes "FAIR" de gestion des données, amenés à être appliqués de façon régulière en pratique courante. Notre mission a donc une composante de prise en compte et de mise en place des bonnes pratiques liées à ces principes, en particulier via la gestion des métadonnées.
Nous avons également à cœur de faire le lien avec des infrastructures externes :
- Les entrepôts de données publiques, qui seront directement accessibles pour y envoyer les jeux de données associés à vos publications.
- Les mésocentres locaux, qui auront une double fonction. Dans un premier temps, ils fourniront le stockage des données avec la sécurité, la redondance et les compétences dont ils sont spécialistes. Dans un second temps, des passerelles seront faites avec les ressources de calcul intensif hébergées sur ces centres. Ainsi, vos données n'auront pas à voyager de nouveau pour être analysées.
Les données seront ainsi stockées en sécurité et gérées par des professionnels, ce qui aura pour effet de désengorger les machines de stockage et de calcul locales.
En résumé, l'objectif est de prendre en charge les données directement depuis la machine d'acquisition, de les transporter et de les stocker à des endroits appropriés où elles seront gérées par des professionnels. Ce transport des données étant transparent pour l'utilisateur, il dispose d'outils pour accéder à ses données, que ce soit en visualisation, principalement via OMERO, ou en téléchargement afin de pouvoir travailler en local sur l'analyse. L'accès décentralisé aux données permet aussi un partage plus simple, tout en restant contrôlé, des données avec les collaborateurs.
A qui cette documentation s'adresse?
Cette documentation s'adresse aux utilisateurs du système de base de données, ainsi qu'aux bêta-testeurs et aux administrateurs du système.
La partie "Vue d'ensemble du système" s'adresse à tout le monde, et devrait même être la première rubrique à consulter pour acquérir les concepts et logiques de base.
La partie "Documentation utilisateur" aborde l'aspect pratique du système dans le cadre de l'utilisation quotidienne, du point de vue du biologiste/chercheur/laborantin/autre... ainsi que les bêta-testeurs, qui seront plus concernés par la section suivante.
La partie "Documentation bêta-testeur" aborde les aspects spécifiques au bêta-testeur, tels que le gestionnaire de tickets, qui servira à rendre compte d'éventuels bugs ou à faire remonter d'autres besoins/idées, ou la liste des tests à exécuter pour évaluer le fonctionnement en conditions réelles.
La partie "Documentation administrateur" est destinée comme son nom l'indique aux administrateurs système. En consultant cette documentation, il est théoriquement possible de reproduire l'infrastructure partout. Pour le moment, la documentation est en attente d'élaboration.