Introduction
Vous trouverez sur cette page une vue globale de notre solution et de son fonctionnement schématisé et vulgarisé à l'aide d'une analogie simple.
Vous trouverez également des liens vers les différentes pages contenant les descriptions détaillées des éléments de la solution BioImage Cloud.
Transport de données et transport de colis
Ce document décrit le cheminement complet d'un jeu d'images microscopiques, depuis leur acquisition jusqu’à leur archivage final.
Pour faciliter la compréhension, nous utilisons l’analogie suivante :
une acquisition = un colis Le but : garantir que toutes les images du jeu de données arrivent au bon endroit, intactes, correctement étiquetées et retrouvables.
1. Acquisition des images au microscope
📷 Création du colis
Les données sont générées directement sur les microscopes. Les images sont dans leur format propriétaire, les métadonnées primaires intégrées, aucun tri n'a encore été appliqué. L'auteur des données peut alors en faire une première sélection et les organiser en paquets cohérents, un pour chaque condition expérimentale de sa session d'acquisition.
2. Dépôt sur le serveur tampon (local)
📮 Colis déposé au guichet du bureau local
Les jeux de données sont transférés sur un serveur tampon hébergé à proximité (dans le bâtiment, ou sur le campus).
Objectif : désengorger les machines d’acquisition et préparer le traitement ultérieur.
3. Remplissage du fichier Excel ISA
📝 Formulaire d’expédition : adresse, contenu, numéro de suivi
Un fichier Excel au format ISA (Investigation / Study / Assay) doit être complété.
Il sert à décrire l’échantillon, le contexte expérimental et les métadonnées nécessaires à la traçabilité.
Sans ce formulaire, l’enveloppe n’a pas d’adresse → le courrier ne peut pas partir.
4. Déclenchement de l'import des données
📬 Tampon officiel — le courrier peut partir
Une fois l’ISA renseigné, une action utilisateur déclenche l’import.
Le système vérifie la cohérence des informations, puis autorise la suite du traitement.
À cette étape, on considère la lettre prête à être envoyée.
5. Transport des données vers le mésocentre
🚚 Acheminement vers le centre de tri régional
Les données sont transférées vers le mésocentre.
Un lien symbolique est maintenu pour garantir la continuité d’accès depuis l’origine.
Comme un suivi colis, on conserve la correspondance entre source et destination.
6. Consultation depuis OMERO
🏛️ Centre de tri où le courrier peut être consulté
Les données deviennent accessibles via OMERO.
Indexation, navigation, visualisation : c’est ici qu’on peut lire la lettre sans la déplacer.
Cette étape facilite le contrôle qualité, l’annotation et l’exploration.
7. Possibilité de rapatriement local
📦 Service "réexpédition à domicile"
Sur demande, il est possible de rapatrier une copie des données.
Équivalent à recevoir son courrier chez soi pour traitement ou analyse spécifique.
8. Archivage final en entrepôt
🗄️ Stockage longue durée — archives nationales
Une fois l’analyse terminée et les données stabilisées, elles sont envoyées vers l'entrepôt final.
Conservation pérenne, version figée, traçabilité garantie.
🔁 En résumé
| Étape | Processus réel | Métaphore postale |
|---|---|---|
| 1 | Acquisition microscope | La lettre est écrite |
| 2 | Serveur tampon local | Déposée dans la boîte postale |
| 3 | ISA Excel | Adresse + formulaire d’envoi |
| 4 | Trigger import | Tampon « prêt à l’envoi » |
| 5 | Transfert mésocentre | Acheminement vers centre de tri |
| 6 | OMERO consultation | Lecture/tri sur place |
| 7 | Rapatriement | Réexpédition sur demande |
| 8 | Archivage | Stockage en archive officielle |
📌 Objectif global :
acheminer les images de manière fluide, traçable et consultable, du microscope à l’archive finale.