Migration vers le mésocentre

Préparation du fichier Excel

Les directives de remplissage du fichier Excel se trouvent dans la rubrique précédente 'Préparation du fichier Excel de téléchargement'

Import du jeu de données du tampon vers le mésocentre (dans OMERO/iRODS)

Un outil spécifique accessible sur OMERO permet de lancer le processus.

Sur votre espace OMERO, pour y accéder, cliquez sur le menu "Import Images" de la barre d'outils supérieure. La page suivante s'ouvre dans un autre onglet:

Cliquez sur "Import Excel File" et sélectionnez votre fichier pour déclencher la procédure d'import des données. La progression dans les différentes étapes de la prise en charge est alors visible. En rechargeant la page, vous voyez progresser les étapes de l'import.

Vous pouvez ensuite revenir sur la page principale d'OMERO.web et retrouver vos données, organisées selon la hiérarchie ISA et annotées.

Pour les imports suivants, vous pouvez reprendre le fichier excel et le modifier en remplaçant dans l'onglet assay les jeux de données déjà importées par vos nouvelles acquisitions.

Annotation des images

Les métadonnées présentées actuellement dans le fichier excel sous forme de paires clef-valeur dans l'onglet Assay sont un sous-ensemble des métadonnées proposée par le standard REMBI. Dans l'outil, le choix de ces colonnes est configurable et devra être adapté aux différents contextes de recherche.