Préparer les données

Avant d'importer des données, il vous sera utile de connaître le standard qui servira pour leur organisation (le standard d'organisation ISA), ainsi que les métadonnées associées à récupérer pour leur annotation (correspondant au standard d'annotation REMBI). Les 2 standards sont décrits dans cette rubrique.

Organisation des répertoires et fichiers

Afin de respecter les conventions internationales en matière d'accessibilité et de réutilisation des données scientifiques (voir principes FAIR), une arborescence standardisée est imposée: la structure ISA (Investigation/Study/Assay). Elle fonctionne de cette façon-là:

Dans OMERO, un Groupe correspondra à une investigation (un projet de recherche), un Projet correspondra à une étude (Study), un Dataset correspondra à un dosage (Assay).

Déposer les images dans une hiérarchie de répertoires "Nom de l'Investigation/Nom de l'Etude/Nom du Dataset" sur le répertoire tampon (Nom à définir) dans un répertoire nommé avec votre identifiant OMERO.

Le nom du projet de recherche ("investigation") doit évoquer la question de base, les principaux objectifs du projet de recherche, mais être suffisamment concis pour être utilisé comme nom. Il sera préférable d'utiliser un acronyme ou un numéro de projet, à la discrétion de la nomenclature utilisée par l'équipe de recherche en question. Mentionner s'il s'agit d'un projet dans le nom. Au pire, utiliser une composition de 2 ou 3 mots-clés cernant bien le thème du projet.

• Exemples de questions scientifiques de base:
  • Rôle de la protéine X dans l'apparition du cancer Y
  • Est-ce que la voie métabolique Z a un rôle dans l'apparition du cancer Y
• Exemple de nomenclature:
  • "Radiothérapie interne pour le traitement de la leucémie aigüe myéloblastique" -> Projet_24P02 -> Dans ce cas, utiliser le numéro de projet + éventuellement un acronyme (RITLAM?)
    • ex: Projet_24P02_RITLAM (acronyme)
    • ex: Projet_LAM_radiotherapie (système de mots-clés)
    • ex: Projet_24P02_LAM_radiotherapie (systèmes de mots-clés + numéro)

Le nom d'une étude ("Study") doit évoquer une sous-question, une hypothèse de départ dans la résolution de la question de base, mais être suffisamment concis pour être utilisé comme nom.

Il sera préférable d'utiliser un acronyme ou un numéro de projet, à la discrétion de la nomenclature utilisée par l'équipe de recherche en question. Mentionner s'il s'agit d'une étude dans le nom. Au pire, utiliser une composition de 2 ou 3 mots-clés cernant bien le thème de l'étude (en évitant de faire doublon avec les mots-clés du projet). - Exemple de sous-question de projet: - Est-ce que la protéine X à un rôle inducteur/inhibiteur/cofacteur dans le pipeline Z impliqué dans l'apparition du cancer Y?

Les expériences ("Assays") contenus dans une étude correspondent à des expériences individuelles (observations microscopiques, profils de transcription en réponse à l'ajout ou une modification d'un élément) destinées à résoudre la sous-question.

Pour le nommage, il sera préférable d'utiliser une description rapide du caractère observé et de la modification, à la discrétion de la nomenclature utilisée par l'équipe de recherche en question. Mentionner s'il s'agit d'un "assay" dans le nom. Au pire, utiliser une composition de 2 ou 3 mots-clés cernant bien le paramètre étudié pour l'expérience (en évitant de faire doublon avec les mots-clés du projet (investigation) et de l'étude (study)).

La composition exacte des noms permet une certaine liberté d'imagination et d'abstraction de la part de l'utilisateur, mais doit dans la mesure du possible respecter ces contraintes. Ce lien est une bonne piste de départ.

Métadonnées à récupérer (dans la mesure du possible) - le standard REMBI

Un standard universellement reconnu a été établi pour toutes les données relevant de l'imagerie, le standard REMBI. Ce standard indique quelles sont les métadonnées nécessaires à la réutilisation des données d'imagerie dans d'autres disciplines ou à des fins de machine-learning.

Un fichier Excel complet téléchargeable regroupant toutes les métadonnées théoriquement nécessaires (il est d'ailleurs mentionné dans l'onglet "Notes" qu'il ne s'agit pas d'une implémentation directement utilisable) se trouve ici

Les métadonnées qui seront demandées sont très fortement inspirées de ce standard, mais dans un souci plus pratique, nous nous réfèrerons au site de l'EBI, plus centré sur la microscopie (ce qui n'empêchera pas quelques écarts: voir la section "Limites connues du système")

Remplissage du fichier Excel précédant l'import

Après obtention des images au microscope, consigner manuellement les métadonnées dans un fichier XLSX à plusieurs onglets.

Des exemples de fichiers se trouvent dans ces jeux de données de test.

Un fichier vide prêt à remplir se trouve ici

Etant donné que vous utiliserez très probablement Excel (éventuellement LibreOffice) pour modifier votre fichier, faites attention au formatage automatique qui s'applique dans certaines conditions (mention notamment aux personnes qui utilisent des dates comme nom de répertoire). Si vous tapez dans une cellule une date (par exemple au format JJ-MM-AAAA), les tirets seront remplacés par le caractère "slash" ("/"). Il est possible de désactiver manuellement ce formatage, mais ce n'est pas le propos de ce tutoriel. Pour contourner le formatage, vous pouvez éventuellement utiliser le caractère "underscore" ("_"). Assurez-vous que les noms de fichiers et répertoires soient identiques entre ceux que vous saisirez dans le fichier et les noms réels (pas de guillemets).

L'organisation se fait de la façon suivante:

Tout doit être saisi sur une seule ligne, dans l'onglet approprié:

• 1 investigation = 1 ligne dans l'onglet "Investigation"
• 1 étude = 1 ligne dans l'onglet "Study"
• 1 jeu de données = 1 ligne dans l'onglet "Assay"

Voir les jeux de données de test pour avoir des exemples.

Les exemples utilisées dans la liste ci-dessous proviennent du site de l'EBI. Ils sont en anglais, mais vous pourrez utiliser le français.

• Onglet Investigation (Investigation):

  • Colonne name: la cellule contient le nom de l'investigation, sous forme d'une chaîne de caractères. Sur OMERO, l'investigation sera identifiée sous ce nom.

  • Colonne manager: la cellule contient une chaîne de caractères contenant l'identifiant OMERO de la personne ayant réalisé l'importation de l'investigation (personnel de plateforme d'imagerie ayant réalisé l'acquisition des données ou propriétaire des données s'il a réalisé l'importation), au format nom-premiere_lettre_prenom@universite.fr

  • Colonne owners: la cellule contient une chaîne de caractères contenant l'identifiant OMERO du propriétaire de l'investigation (généralement, il n'y en a qu'un seul), au format nom-premiere_lettre_prenom@universite.fr

  • Colonne contributors: la cellule contient une chaîne de caractères contenant les identifiants OMERO des membres associés à l'investigation avec possibilité d'annotation uniquement, au format nom-premiere_lettre_prenom@universite.fr

  • Colonne description: la cellule contient une description rapide de l'investigation (un titre d'article putatif serait idéal) accompagné des noms complets des auteurs. Le cas échéant, le DOI de l'article (si existant) peut être ajouté.

  • Colonne route: la cellule contient l'étiquette correspondant à la route (enchaînement des différents noeuds virtuels, ou "clerks" par lesquels transiteront les données). Pour plus d'informations, voir la section "Description du fonctionnement du système" sur les éléments de provenance. (Astuce pour admin: Les routes disponibles sont pour le moment décrites dans les fichiers yml du répertoire "provenance" du dépôt gitlab "quay_documents". Il conviendra de mettre au propre la doc admin concernant ce sujet et de communiquer à l'utilisateur les routes qui seront officiellement utilisées)

• Onglet Study (Étude):

  • Colonne owner: la cellule contient le nom du propriétaire du jeu de données, sous forme d'une chaîne de caractères, au format nom-premiere_lettre_prenom@universite.fr

  • Colonne name: la cellule contient le nom de l'étude, sous forme d'une chaîne de caractères. Sur OMERO, l'étude sera identifiée sous ce nom.

    • Exemples:
      • "Visualization of loop extrusion by DNA nanoscale tracing in single cells"
      • "SARS-COV-2 drug repurposing - Caco2 cell line"
      • "Large-scale electron microscopy database for human type 1 diabetes"

  • Colonne description: la cellule contient la description de l'étude, sous forme d'une chaîne de caractères. Facultatif. Sur OMERO, la description apparaîtra dans la colonne de droite, sous le nom

  • Colonne parent_investigation: la cellule contient le nom de l'investigation à laquelle l'étude appartient:

  • Colonne tags: la cellule contient une chaîne de caractères des tags (mots-clés) OMERO associés à l'étude, qui ne peuvent être associés à des niveaux de granularité inférieurs. Les tags sont séparés par des virgules. Les tags sont des artefacts uniquement utilisés sur OMERO pour permettre une recherche rapide, ils ne sont pas liés aux standards ISA ou REMBI. En conséquence, ils sont facultatifs. Sur OMERO, les tags apparaîtront dans la colonne de droite, sous la liste déroulante "Tags"

    • Exemples:
      • "RNA localisation"
      • "CRISPR"
      • "Brain"

• Onglet Assay (Dosage, mesure, jeu de données):

  • Colonne owner: la cellule contient le nom du propriétaire du jeu de données, sous forme d'une chaîne de caractères, au format nom-premiere_lettre_prenom@universite.fr

  • Colonne path: la cellule contient le chemin d'accès relatif de l'"Assay" sur l'espace personnel, à l'intérieur de l'élément "Study". Il est différent du chemin absolu (samba_path) demandé dans l'onglet "Investigation". Il sera sous la forme "nom_de_l_etude/nom_du_assay"

  • Colonne name: la cellule contient le nom du jeu de données, sous forme d'une chaîne de caractères

    • Exemples:
      • "Experiment A"
      • "Screen B"
      • "Stitched max-projected fluorescent confocal images"

  • Colonne description: la cellule contient la description du jeu de données, sous forme d'une chaîne de caractères. Facultatif.

  • Colonne parent_study: la cellule contient le nom de l'étude à laquelle le jeu de données appartient:

  • Colonne tags: la cellule contient une liste des tags OMERO associés au jeu de données, qui ne peuvent être associés à des niveaux de granularité inférieurs. Facultatif. Sur OMERO, les tags apparaîtront dans la colonne de droite, sous la liste déroulante "Tags". Les éléments "Assay" seront tagués, mais pas les images à l'intérieur.

  • Colonne Specimen Sample Preparation: la cellule contient les informations sur la préparation de l'échantillon, sous forme d'une chaîne de caractères. Sur OMERO, les valeurs ajoutées apparaîtront dans la colonne de droite, sous la liste déroulante "Key-Value Pairs"

    • Exemples:
      • "Cells were cultured on poly-L-lysine treated coverslips. Culture media was aspirated, and coverslips were washed once with PBS. Cells were fixed by incubating for 10 min with 4 % formaldehyde/PBS, washed twice with PBS, and permeabilized by incubating (>3 h, -20°C) in 70 % ethanol. Cells were rehydrated by incubating (5 min, RT) with FISH wash buffer (10 % formamide, 2x SSC). For hybridization, coverslips were placed cell-coated side down on a 48μl drop containing 100 nM Quasar570-labelled probes complementary to one of REV-ERBα, CRY2, or TP53 transcripts (Biosearch Technologies) (see Table S6 for probe sequences), 0.1 g/ml dextran sulfate, 1 mg/ml E. coli tRNA, 2 mM VRC, 20 μg/ml BSA, 2x SSC, 10 % formamide and incubated (37°C, 20 h) in a sealed parafilm chamber. Coverslips were twice incubated (37°C, 30 min) in pre-warmed FISH wash buffer, then in PBS containing 0.5 μg/ml 4’,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) (5 min, RT), washed twice with PBS, dipped in water, air-dried, placed cell-coated side down on a drop of ProLong Diamond Antifade Mountant (Life Technologies), allowed to polymerize for 24 h in the dark and then sealed with nail varnish."
      • "Immunostained spreads of Arabidopsis pachytene cells were prepared for 3D-SIM imaging as follows. To roughly stage the meiocytes, a single anther from a floral bud was removed and squashed in a drop of water on a clean slide under a coverslip and inspected using brightfield microscopy. Early- and mid-pachytene meiocytes were still stuck together within a meiocyte column, whilst late-pachytene meiocytes had begun to break apart from one-another. More precise staging of early and late pachytene meiocytes was also based on previously defined HEI10 behaviour, with mid pachytene meiocytes exhibiting an intermediate phenotype. The remaining 5 anthers containing meiocytes of the desired stage were dissected from the staged buds. They were then macerated using a brass rod on a No. 1.5H coverslip (Marienfeld) in 10 µl digestion medium (0.4% cytohelicase, 1.5% sucrose, 1% polyvinylpyrolidone in sterile water) for 1 min. Coverslips were then incubated in a moist chamber at 37 °C for 4 min before adding 10 µl of 2% lipsol solution followed by 20 µl 4% paraformaldehyde (pH 8). Coverslips were dried in the fume hood for 3 h, blocked in 0.3% bovine serum albumin in 1x phosphate-buffered saline (PBS) solution and then incubated with primary antibody at 4 °C overnight and secondary antibody at 37 °C for 2 h. In between antibody incubations, coverslips were washed 3 times for 5 min in 1x PBS plus 0.1% Triton X-100. Coverslips were then incubated in 10 µl DAPI (10 µg/ml) for 5 min, washed and mounted on a slide in 7 µl Vectashield."
      • "Cells grown on coverslips were fixed in ice-cold methanol at _20 _ C for 10 min. After blocking in 0.2% gelatine from cold-water fish (Sigma) in PBS (PBS/FSG) for 15 min, coverslips were incubated with primary antibodies in blocking solution for 1h. Following washes with 0.2% PBS/FSG, the cells were incubated with a 1:500 dilution of secondary antibodies for 1 h (donkey anti- mouse/rabbit/goat/sheep conjugated to Alexa 488 or Alexa 594; Molecular Probes or donkey anti-mouse conjugated to DyLight 405, Jackson ImmunoResearch). The cells were counterstained with 1 _g ml_1 Hoechst 33342 (Sigma) to visualize chromatin. After washing with 0.2% PBS/FSG, the coverslips were mounted on glass slides by inverting them into mounting solution (ProLong Gold antifade, Molecular Probes). The samples were allowed to cure for 24-48 h."

  • Colonne Specimen Growth Protocol: la cellule contient les informations sur la mise en croissance de l'échantillon, sous forme d'une chaîne de caractères. Sur OMERO, les valeurs ajoutées apparaîtront dans la colonne de droite, sous la liste déroulante "Key-Value Pairs"

  • Colonne Organism Scientific Name: la cellule contient le nom scientifique (latin) de l'organisme étudié, sous forme d'une chaîne de caractères. Sur OMERO, les valeurs ajoutées apparaîtront dans la colonne de droite, sous la liste déroulante "Key-Value Pairs"

    • Exemples:
      • "Homo sapiens"
      • "Arabidopsis thaliana"
      • "Danio rerio"

  • Colonne Organism Common Name: la cellule contient le nom vernaculaire de l'organisme étudié, sous forme d'une chaîne de caractères. Sur OMERO, les valeurs ajoutées apparaîtront dans la colonne de droite, sous la liste déroulante "Key-Value Pairs"

    • Exemples:
      • "human"
      • "thale cress"
      • "zebrafish"

  • Colonne Organism Ncbi Taxon: la cellule contient le taxon NCBI de l'organisme étudié (retrouvé sur https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi ou https://ontobee.org/), sous forme d'une chaîne de caractères. Sur OMERO, les valeurs ajoutées apparaîtront dans la colonne de droite, sous la liste déroulante "Key-Value Pairs"

    • Exemples:
      • "http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606"
      • "http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_3702"
      • "http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7955"

  • Colonne Biosample Biological Entity: la cellule contient les informations sur l'entité biologique (organe/tissu actuellement observé), sous forme d'une chaîne de caractères. Sur OMERO, les valeurs ajoutées apparaîtront dans la colonne de droite, sous la liste déroulante "Key-Value Pairs"

    • Exemples:
      • "Adult mouse corpus callosum"
      • "Drosophila endoderm"
      • "AC16s human cardiomyoctye cells"

  • Colonne Organism Description: la cellule contient une description de l'organisme (texte libre)

  • Colonne Intrinsic Variables: la cellule contient les informations sur les variables intrinsèques à l'échantillon (altérations intrinsèques de l'échantillon: génétiques, par exemple), sous forme d'une chaîne de caractères. Sur OMERO, les valeurs ajoutées apparaîtront dans la colonne de droite, sous la liste déroulante "Key-Value Pairs"

    • Exemples:
      • "stable overexpression of HIST1H2BJ-mCherry and LMNA"
      • "Jurkat E6.1 transfected with emerald-VAMP7"
      • "Homozygous GFP integration into mitotic genes"

  • Colonne Extrinsic Variables: la cellule contient les informations sur les variables extrinsèques à l'échantillon (traitement externe appliqué à l'échantillon: antibiotique, antitumoral, ou autre drogue, par exemple), sous forme d'une chaîne de caractères. Sur OMERO, les valeurs ajoutées apparaîtront dans la colonne de droite, sous la liste déroulante "Key-Value Pairs"

    • Exemples:
      • "Plate-bound anti-CD3 activation"
      • "2-(9-oxoacridin-10-yl)acetic acid"
      • "cridanimod"

  • Colonne Experimental Variables: la cellule contient les informations sur les variables de test (variables intentionnellement modifiées dans le cadre de l'étude), sous forme d'une chaîne de caractères. Sur OMERO, les valeurs ajoutées apparaîtront dans la colonne de droite, sous la liste déroulante "Key-Value Pairs"

    • Exemples:
      • "Time"
      • "Genotype"
      • "Light exposure"

  • Colonne Imaging Method Value: la cellule contient les informations sur la méthode de microscopie, sous forme d'une chaîne de caractères. Sur OMERO, les valeurs ajoutées apparaîtront dans la colonne de droite, sous la liste déroulante "Key-Value Pairs"

    • Exemples:
      • "bright-field microscopy"
      • "spinning disk confocal microscopy"
      • "high-voltage electron microscopy (HVEM)"

  • Colonne Imaging Method Ontology Name: la cellule contient le nom de l'ontologie utilisée pour coder la méthode de microscopie, sous forme d'une chaîne de caractères. Sur OMERO, les valeurs ajoutées apparaîtront dans la colonne de droite, sous la liste déroulante "Key-Value Pairs"

    • Exemples:
      • "Biological Imaging Methods Ontology (FBbi)"

  • Colonne Imaging Method Ontology Id: la cellule contient l'entrée d'ontologie associée à la méthode de microscopie (retrouvée sur https://ontobee.org/), sous forme d'une chaîne de caractères. Sur OMERO, les valeurs ajoutées apparaîtront dans la colonne de droite, sous la liste déroulante "Key-Value Pairs"

    • Exemples:
      • "http://purl.obolibrary.org/obo/FBbi_00000243"
      • "http://purl.obolibrary.org/obo/FBbi_00000253"
      • "http://purl.obolibrary.org/obo/FBbi_00000622"

  • Colonne Imaging Instrument: la cellule contient les informations sur la marque et le modèle de l'instrument, sous forme d'une chaîne de caractères. Sur OMERO, les valeurs ajoutées apparaîtront dans la colonne de droite, sous la liste déroulante "Key-Value Pairs"

    • Exemples:
      • "Zeiss Elyra PS1"
      • "Luxendo MuVi SPIM light-sheet microscope"
      • "DeltaVision OMX V3 Blaze system (GE Healthcare) equipped with a 60x/1.42 NA PlanApo oil immersion objective (Olympus), pco.edge 5.5 sCMOS cameras (PCO) and 405, 488, 593 and 640 nm lasers"

  • Colonne Image Acquisition Parameters: la cellule contient les paramètres d'acquisition de l'image, sous forme d'une chaîne de caractères. Sur OMERO, les valeurs ajoutées apparaîtront dans la colonne de droite, sous la liste déroulante "Key-Value Pairs"

    • Exemples:
      • "Two and three days after surgery, sparse labeling of OPCs was achieved by i.p. injection of Tamoxifen (Tam; 180mg/kg bodyweight). Imaging fields of view containing identified OPCs were selected to obtain 10-20 SPOTs per mouse. Chronic 2-photon imaging was performed starting 3 days after surgery. All SPOTs were checked on a daily basis and no z-stack was acquired if no changes occurred. The imaging was performed on custom-built 2-photon microscope (Sutter Instrument Movable Objective Microscope type) using a long-working distance objective (water immersion, 16x magnification, 0.8NA, Nikon) and equipped with a ytterbium-doped laser system at 1045nm and 200fs (Femtotrain, High-Q lasers) or a fiber oscillator 45 laser at 1070nm (Fidelity-2, Coherent) to excite tdTomato labeled cells in the CC. Emission light was detected using a photomultiplier tube (Hamamatsu) after passing a red emission filter (610/75 nm; AHF)."
      • "Embryos were imaged on a Luxendo MuVi SPIM light-sheet microscope, using 30x magnification setting on the Nikon 10x/0.3 water objective. The 488 nm laser was used to image nuclei (His-GFP), and the 561 nm laser was used to image transcriptional dots (MCP-mCherry), both at 5% laser power. Exposure time for the green channel was 55 ms and exposure for the red channel was 70 ms. The line illumination tool was used to improve background levels and was set to 40 pixels."
      • "Spherical aberration was minimized using immersion oil with refractive index (RI) 1.514. 3D image stacks were acquired over the whole nuclear volume in z and with 15 raw images per plane (five phases, three angles). The raw data were computationally reconstructed with SoftWoRx 6.5.2 (GE Healthcare) using channel-specific OTFs recorded using immersion oil with RI 1.512, and Wiener filter settings between 0.002-0.006 to generate 3D stacks of 115 nm (488 nm) or 130 nm (593 nm) lateral and approximately 350 nm axial resolution. Multi-channel acquisitions were aligned in 3D using Chromagnon software (Matsuda et al, 2018) based on 3D-SIM acquisitions of multi-colour EdU-labelled C127 cells(Kraus et al, 2017)."

  • Colonne Image Analysis Overview: la cellule contient la description de la méthode d'analyse, sous forme d'une chaîne de caractères. Sur OMERO, les valeurs ajoutées apparaîtront dans la colonne de droite, sous la liste déroulante "Key-Value Pairs"

    • Exemples:
      • "Image segmentation was performed for each 2D slice using a program called ilastik, which utilizes semantic segmentation. 3D object creation from 2D binary images and feature extraction was performed in a program called Arivis."
      • "Each 3D-SIM image contained one nucleus (in a small number of cases multiple nuclei were present, which did not affect the analysis). The image analysis pipeline contained six main steps: bivalent skeleton tracing, trace fluorescence intensity quantification, HEI10 peak detection, HEI10 foci identification, HEI10 foci intensity quantification, and total bivalent intensity quantification. Note that the normalization steps used for foci identification differ from those used for foci intensity quantification; the former was intended to robustly identify foci from noisy traces, whilst the latter was used to carefully quantify foci HEI10 levels."
      • "Images were deconvolved using the default conservative deconvolution method using DeltaVision Softworx software. Image quantification was carried out using Fiji (Schindelin et al, 2012). Deconvolved images were compressed to 2D images displaying the maximum intensity projection for each pixel across z-stacks listed in Table S7 (column “Projected”). Cell and nuclear areas were outlined using thresholding functions on the background TRITC signal and DAPI signal, respectively. Dots corresponding to transcripts were then counted for both nuclear and cytoplasmic areas for each image by applying the “Find Maxima” command with a noise tolerance specified in Table S7 (column “Maxima”). Bar charts show the mean number of dots per nuclear area and cytoplasmic area across all images for all combined replicates.

  • Colonne Image Correlation Spatial And Temporal Alignment: la cellule contient les modalités d'alignement temporel et spatial, UNIQUEMENT dans le cas d'utilisation de techniques de microscopie corrélative (utilisation de plusieurs types de microscopie sur une même région d'échantillon, avec mise en correspondance des coordonnées géographiques des 2 observations pour mettre en correspondance les données obtenues) sous forme d'une chaîne de caractères. Sur OMERO, les valeurs ajoutées apparaîtront dans la colonne de droite, sous la liste déroulante "Key-Value Pairs"

    • Exemples:
      • "Manual overlay"
      • "Alignment algorithm"

  • Colonne Image Correlation Fiducials Used: la cellule contient les informations sur les marqueurs géographiques de référence, UNIQUEMENT dans le cas d'utilisation de techniques de microscopie corrélative (utilisation de plusieurs types de microscopie sur une même région d'échantillon, avec mise en correspondance des coordonnées géographiques des 2 observations pour mettre en correspondance les données obtenues) sous forme d'une chaîne de caractères. Sur OMERO, les valeurs ajoutées apparaîtront dans la colonne de droite, sous la liste déroulante "Key-Value Pairs"

  • Colonne Image Correlation Transformation Matrix: la cellule contient les informations sur la matrice de transformation des coordonnées entre images, UNIQUEMENT dans le cas d'utilisation de techniques de microscopie corrélative (utilisation de plusieurs types de microscopie sur une même région d'échantillon, avec mise en correspondance des coordonnées géographiques des 2 observations pour mettre en correspondance les données obtenues) sous forme d'une chaîne de caractères. Sur OMERO, les valeurs ajoutées apparaîtront dans la colonne de droite, sous la liste déroulante "Key-Value Pairs"