📘 Glossaire

Ce glossaire explique les termes techniques utilisés dans le projet, avec des définitions simples et compréhensibles par tous.

Authentik

Outil qui permet de gérer les comptes utilisateurs et les connexions.
Il sert de porte d’entrée unique pour accéder aux services (un seul identifiant au lieu d’en avoir un pour chaque outil).

iRODS

Système de gestion de données conçu pour stocker, organiser et retrouver facilement de gros volumes de fichiers.
Il fonctionne comme une bibliothèque numérique : il garde les données, leurs informations associées (métadonnées) et permet de contrôler qui peut y accéder.
C’est la couche de stockage utilisée sous MetalNX pour manipuler et explorer les données.

➡ Site officiel : https://irods.org

ISA (Investigation / Study / Assay)

Standard de description des expériences scientifiques.
Il sert à organiser les informations autour d’un projet en trois niveaux simples : - Investigation : le projet global et ses objectifs, - Study : les expériences ou séries d’expériences menées, - Assay : les mesures ou acquisitions réalisées (par exemple imagerie, analyses).

Le standard ISA permet de structurer les métadonnées de manière claire et cohérente, afin de mieux comprendre, partager et réutiliser les données associées à une expérience.

Madbot

Robot logiciel utilisé en interne pour automatiser certaines tâches, par exemple surveiller l’arrivée de nouveaux fichiers ou lancer automatiquement l’import des données.
Il évite d’avoir à tout faire à la main. Nous espérons qu'il remplace à terme l'utilisation de fichier Excel.

MetalNX

Une interface web pour naviguer dans les données stockées sur iRODS.
C’est un explorateur de fichiers accessible depuis un navigateur : on peut y voir les données, les organiser, ajouter des informations et gérer les droits d’accès.

Mésocentre

Centre informatique équipé de gros serveurs pour stocker et traiter de grandes quantités de données scientifiques.
On y envoie les données pour qu’elles soient conservées et éventuellement analysées.

OMERO

Plateforme utilisée pour consulter et organiser les images de microscopie.
Elle permet de visualiser, annoter et partager les images facilement depuis un navigateur ou un logiciel dédié.

REMBI

Standard de bonnes pratiques pour la description des données d’imagerie en biologie.
Il définit les informations minimales à fournir pour qu’une image soit compréhensible et réutilisable : échantillon, préparation, conditions expérimentales, microscope et paramètres d’acquisition.

REMBI vise à garantir que les données d’imagerie restent exploitables, interprétables et comparables, notamment lors du partage ou de l’archivage à long terme.

Samba

Système qui permet de partager des dossiers sur un réseau, comme si c’était des dossiers locaux sur son ordinateur.
Pratique pour accéder à des fichiers stockés sur un serveur sans passer par un transfert manuel.

Le partage de ressources (fichiers, scanners, imprimantes...) sous Windows est basé sur le protocole SMB (Server Message Block), un protocole propriétaire de Microsoft créé en 1985.

Après quelques années d'utilisation et de rodage, et devant sa popularité (et la popularité de Windows dans les années 90), celui-ci a fait l'objet d'un travail de rétroingéniérie et de réimplémentation sous Unix par la communauté Open-Source, pour donner Samba. Samba est maintenant présent de façon standard dans toutes les distributions GNU/Linux, et est utilisé pour le partage de données mettant en jeu des serveurs ou clients basés sur Windows.

Serveur tampon

Zone de stockage temporaire où les données sont déposées avant d’être envoyées dans l’archive principale.
Il sert de « sas d’entrée » pour vérifier que tout est correct avant de transférer et classer les fichiers.

SFTPGo

Outil permettant de récupérer ou déposer des fichiers sur un serveur de façon simple et sécurisée.
Il fonctionne comme un espace de dépôt en ligne pour charger ou télécharger les données de grande taille.