Architecture du système

Vous trouverez sur cette page une description schématique des composants du système ainsi qu'une description plus détaillée des éléments le constituant. Elle n'est pas indispensable à l'utilisation du système, mais elle peut être utile à lire pour vous aider à appréhender les différents outils.

Plan du système

Voici un plan du système que nous mettons en place ainsi qu'un diagramme d'utilisation :

Ce système a été étudié pour être facilement accessible et permettre une réutilisation des données selon les principes FAIR.

Voici un diagramme résumant les différentes étapes du point de vue de l'utilisateur :

Serveur Samba

Le serveur Samba est le point de départ du système pour l'utilisateur. Il s'agit d'un disque réseau pouvant être monté sur son poste de travail (Windows, Mac ou Linux) de la même manière qu'un disque dur. Ce serveur est aussi appelé "stockage réseau" ou "serveur tampon" dans cette documentation. C'est sur ce serveur que l'utilisateur va déposer ses données en premier lieu, directement depuis le microscope en les transférant depuis son poste de travail.

Le partage de ressources (fichiers, scanners, imprimantes...) sous Windows est basé sur le protocole SMB (Server Message Block), un protocole propriétaire de Microsoft créé en 1985.

Après quelques années d'utilisation et de rodage, et devant sa popularité (et la popularité de Windows dans les années 90), celui-ci a fait l'objet d'un travail de rétroingéniérie et de réimplémentation sous Unix par la communauté Open-Source, pour donner Samba. Samba est maintenant présent de façon standard dans toutes les distributions GNU/Linux, et est utilisé pour le partage de données mettant en jeu des serveurs ou clients basés sur Windows. L'appellation "Samba" est également utilisée (par abus de langage) pour designer le protocole Microsoft SMB d'origine.

iRODS (et le système de fichiers SRB)

Le serveur iRods est le deuxième endroit par lequel les données de l'utilisateur vont transiter. Cette deuxième étape peut être completement transparente pour l'utilisateur : une fois les données importées dans iRods, elles seront également disponibles sur Omero mais aussi sur MetalNX (traités plus bas), tous deux plus faciles d'utilisation qu'iRods.

Malgré tout, il reste possible pour tout utilisateur à l'aise avec la ligne de commande d'interagir directement avec le serveur iRods.

Le logiciel iRODS (Integrated Rule-Oriented Data System) est un outil client implémentant ce système de fichiers, permettant un accès transparent aux données réparties sur différents sites et sur des supports hétérogènes (systèmes de fichiers sur disque, bases de données, systèmes de bandes, etc). Il est basé sur le système de fichier SRB.

Le système de fichiers SRB (Storage Resource Broker) est un système de fichiers distribué logique basé sur une architecture client-serveur, permettant de gérer une hiérarchie de répertoires/fichiers indépendamment de la localisation géographique des répertoires/fichiers (voir aussi cette archive).

La représentation fictive simplifiée ci-dessous devrait vous permettre de comprendre :

Notez que ce système permet d'avoir plusieurs fichiers possédant le même nom visibles côté client (ce qui est normal: ils sont de localisations physiques différentes et donc de références différentes).

En outre, iRODS dispose de son propre système de permissions d'accès par utilisateur par le biais d'ACLs (Access Control List).

MetalNX

MetalNX est un client web spécialement dédié à être utilisé de concert avec iRODS. Son interface simple permet de télécharger ou partager des fichiers et dossiers directement depuis le navigateur internet.

OMERO

OMERO est un logiciel principalement dédié à la publication d'images, au sein d'une équipe (permettant de fait un travail collaboratif) ou vis à vis du grand public. Il apporte également un intérêt vis-à-vis de la publication d'articles (notamment grâce à la tracabilité et l'accessibilité des images, mais également grâce à la présence d'un module permettant de créer facilement et rapidement des figures pour publications scientifiques), et dans une moindre mesure à l'analyse d'images grâce au système de scripts. Il permet également de télécharger des images de faible volume, en faible quantité par téléchargement.

OMERO est la dernière étape du système, c'est ici que les utilisateurs vont pouvoir visionner, partager et analyser leurs données sur une interface Web pensée pour l'analyse de données.

Omero-Quay

Le rôle d'Omero-Quay est de servir de point d'importation et d'exportation des données. Ce logiciel a été créé localement par l'équipe FBI.data pour les besoins de la situation actuelle, et est encore en développement actif, ce qui explique (pour le moment) son faible volume de documentation. Contrairement à ce que son nom indique, il ne dépend pas d'OMERO, et est destiné à s'interfacer avec d'autres logiciels de stockage de données, tel que iRODS.

Authentik

Authentik est un système de portail permettent de centraliser la création (côté administrateur) et l'accès (côté utilisateur) à plusieurs comptes.

Dans notre cas, il permet d'accéder plus rapidement aux espaces OMERO et MetalNX, ainsi qu'au site de demande d'aide/dépôt de retour d'expérience Zammad et à la documentation. Dans le cas des personnels ayant des privilèges d'administrateur, il permet également d'accéder à des outils de monitoring et à la documentation d'administrateur.

MadBot

A venir, en attente d'élaboration complète. Ce composant prendra le relais des fichiers Excel.